10月2～5日、国立競技場。11年ぶりの秋季大会、400mハードルで苅部俊二(富士通)48秒34のアジア新記録で優勝した。朝原宣治(大阪ガス)が100m、走幅跳の2冠。

9月30日～10月4日、熊本県民総合。伊東浩司(富士通)が200m予選で20秒16のアジア新記録をマーク。しかし、決勝では土江寛裕(富士通)が21秒02で勝った。伊東は100mでは10秒08のアジアタイ記録で優勝。ハンマー投では、室伏広治(ミズノ)が76m67の日本新で4連勝。

4月12日、輪島で開催された男子50km競歩日本選手権で、今村文男(富士通)が3時間49分38秒の日本新記録で優勝。

10月1～3日、静岡県草薙総合。女子三段跳に花岡麻帆(三英社)が、日本人で初めて14mラインを超える14m04の日本新。自己の持つ日本記録を一気に35cm更新。1500mは高校生の佐藤清治(佐久長聖)が3分47秒26で制覇。三段跳で角田憲一(三洋信販)が17m05の好記録で優勝した。

また12月21日、マラソン日本選手権を兼ねて行われた東京国際女子マラソンで、山口衛里(天満屋)が2時間22分12秒で優勝し、こちらもシドニー五輪のマラソン日本代表に選出された。

2000年1月30日、神戸で開催された男子20km競歩日本選手権で、柳澤哲(綜合警備保障)が1時間19分29秒の日本新記録で優勝。シドニー五輪出場を果たす。

10月6～8日、宮城県営スタジアム。シドニー五輪後の大会で、記録は全般に低調。女子砲丸投で豊永陽子(徳島健祥会)が16m46の日本新。

また12月3日、マラソン日本選手権を兼ねて行われた福岡国際マラソンでは、藤田敦史(富士通)が、2時間06分51秒の日本新記録で優勝。

6月8～10日、国立競技場。女子走幅跳で快記録が生まれた。花岡麻帆(Office24)が、この年、世界4位となる6m82の日本新。ライバルの池田久美子(福島大)が同7位となる6m78をマークした。また、七種競技で、佐藤さよ子(日立土浦)が5713点の日本新記録を樹立して優勝。

6月7～8日、石川県西部緑地公園。女子400mハードルの吉田真希子(福島大TC)56秒82の日本新を樹立。女子棒高跳の近藤高代(長谷川体育施設)が4m20の日本タイ記録。100mで朝原宣治(大阪ガス)が大会新の10秒05をマーク。ハンマー投の室伏広治(ミズノ)も79m15の大会新を記録した。

6月6～8日、横浜国際総合。パリ世界選手権の選考会を兼ねた大会で好記録が生まれた。200mで末續慎吾(ミズノ)が20秒03のアジア新記録の快走。棒高跳では澤野大地(ニシ・スポーツ)が、この年の世界4位タイとなる5m75の日本新。女子400mハードルでは、吉田真希子(FSGカレッジリーグ)が、同11位となる55秒89をマークした。また、女子七種競技で、中田有紀(さかえクリニック)が5910点の日本新記録を樹立して優勝。

1月26日にマラソン日本選手権を兼ねて行われた大阪国際女子マラソンで、野口みずき(グローバリー)が2時間21分18秒で優勝、2位の千葉真子(豊田自動織機)、3位の坂本直子(天満屋)と共に国内最高記録を更新した。

4月20日、輪島で開催された男子50km競歩日本選手権では、今村文男(富士通)が優勝し7連覇を達成。

さらに12月7日、マラソン日本選手権を兼ねて行われた福岡国際マラソンで、国近友昭(エスビー食品)が2時間07分52秒で優勝。2位に入った諏訪利成等と共にアテネ五輪のマラソン日本代表に選出された。

2004年1月25日、神戸で開催された女子20km競歩日本選手権で、川﨑真裕美(海老澤製作所)が1時間31分19秒の日本新記録で優勝。

6月4～6日、鳥取県立布勢総合。アテネ五輪の最終選考会を兼ねた大会。棒高跳の澤野大地(ニシ・スポーツ)が5m80の日本新。前年大会でマークした自らの記録を5cm更新。女子800mでは杉森美保(京セラ)が2分00秒46の日本新。同七種競技では中田有紀(さかえクリニック)が自らの記録を更新する5962点の日本新。同5000mは福士加代子(ワコール)の大会新、15分05秒07が光った。

ハンマー投の室伏広治(ミズノ)は82m09の国際級記録で10連覇達成。走幅跳の寺野伸一(サンクラブ)は、大会新の8m20を跳んだ。

3月14日、マラソン日本選手権を兼ねて行われた名古屋国際女子マラソンで、土佐礼子(三井住友海上)が2時間23分57秒で優勝し、アテネ五輪のマラソン日本代表に選出された。

6月2～5日、国立競技場。男女400mに若い力が爆発。男子では17歳の金丸祐三(大阪高)が、予選で45秒69の高校新、決勝では45秒86で優勝。女子では19歳の丹野麻美(福島大)が51秒93の日本新をマーク。ともに、最年少での最優秀選手賞受賞。

女子1500mは15年ぶりに高校生の小林祐梨子(須磨学園)が制した。100mは19歳の佐分慎弥(日体大)が優勝。女子800mは杉森美保(京セラ)が自らの記録を更新する2分00秒45の日本新。

12月13日、マラソン日本選手権を兼ねて行われた東京国際マラソンで、高岡寿成(カネボウ)が2時間07分41秒でマラソン初優勝。

6月30日～7月2日、神戸総合運動公園。走高跳の醍醐直幸(富士通)が2m33の日本新記録で優勝。1993年に君野貴弘(順大)がつくった日本記録を13年ぶりに1cm更新。砲丸投でも畑瀬聡(群馬綜合ガードシステム)が18m56の日本新。

2007年1月28日、大阪で開催された女子20km競歩日本選手権で、渕瀬真寿美(龍谷大)が、1時間29分36秒の日本新記録で優勝。